南城县职业中等专业学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。虽然职业中等专业学校为学生提供了职业技能培训，但其毕业证书更偏向于职业技能领域。而普通高中的毕业证书则更注重学术知识和综合素质的培养。因此，两者的毕业证书在效力上存在差异，具体效力还需根据用人单位的需求和认可程度来确定。