大余县职业中等专业学校毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。虽然职业中等专业学校为学生提供职业技能培训，但其毕业证书更多地反映的是职业技能的掌握，而不是普通高中的学术性教育。因此，在某些特定的工作领域，职业中等专业学校的毕业证书可能更具优势，而在其他方面，普通高中的证书可能更具通用性和认可度。具体情况还需根据用人单位的需求和具体标准来判断。