宁都县职业中等专业学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。职业中等专业学校主要培养技术技能人才，其毕业证书更多地反映了学生在特定职业技能上的掌握。而普通高中毕业证书则更注重学术基础和综合素质的培养。因此，两者的证书在效力上存在差异，具体效力需根据用人单位需求和相关政策来确定。